人体肠道菌群，大体分成三类，益生菌腐败菌和中间菌群。这只是通常情况下的分类，容易产生情感对待，认为益生就是好的，腐败就是坏的，其实它们各有用处，只是不逾越各自数量比例就好，以后会继续涉及它们。

交感神经兴奋产生的肾上腺素，可以导致肠道炎症反应，造成肠道菌群位移，改变肠道菌群数量种类和比例。肠道菌群中的益生菌，如双歧杆菌，可以抑制病毒和革兰氏阴性菌，防止它们的代谢产物造成的基因甲基化和干扰性的结合，这样就间接抑制了缺氧诱导因子的产生和产生后的活化程度。益生菌的代谢产物，可以产生抗菌肽，主要在肠道潘氏细胞中形成，它们同样可以抑制病毒，杀死细菌，破坏坏死细胞。

在减少了病毒细菌干扰的情况下，缺氧诱导因子启动细胞凋亡，细胞就不会坏死，细胞会启动自噬程序，清理细胞内各种垃圾蛋白（基因“加工”时产生的不合格产品）。对不健康细胞，启动的细胞凋亡，也不会产生炎症反应。

如果肠道菌群失调，缺氧诱导因子诱导启动的细胞凋亡基因（另外一种抑癌蛋白，p53）产生活性，就会变成细胞坏死，细胞将被分解释放（而非被正常细胞吞噬吸收），释放物质，将代谢产生各种类型的慢性病。