并非所有的细菌和病毒都是坏的，“让微生物增生的并非微生物本身，而是微生物存在的环境。“”微生物只在环境允许它们有害时，才变得有害。如果环境不允许微生物肆虐，人们根本不用担心自己暴露在其中。“

——克劳德·伯纳德（Claude Bernard）

肠道微生物由居住在人体内和体表的所有微生物组成（细菌、病毒、真菌、酵母菌、原虫等）。虽然我们自认为是这些微生物的“宿主”，但实际上细菌的数量是人体细胞的10倍，仅肠道中就有100万亿个细菌。其种类达到约1000，包含了环境中的细菌种类。换句话说，我们在用肠道与世界进行物质接触。但人类的集体细菌恐惧症始于150年前，当时的法国化学家路易斯·巴斯德发表了疾病细菌理论，声称肉眼不能看到的细菌和小虫是人类生病的原因。虽然人类历史中，150年实际算不得什么，但我们对细菌偏执的后果，不是伤害微生物，而是伤害我们自身。

细菌被杀灭后会快速的生长回来，但此时细菌的种类比例会与原来不同。19世纪法国科学会会员贝尚认为，疾病是由身体中好坏细菌失衡导致的；细菌不是疾病的根源，而是疾病发生的迹象。整条肠道中，健康人的肠道益生菌与中性菌的占比85%，有害菌占比15%。85%的中性或有益菌的主要作用是填满肠壁空间，防止有害微生物定居，以及产生全面的营养素与维护肠粘膜健康。同时，这道屏障一直都在甄别好坏，调动恰到好处的免疫反应，打击坏家伙。体魄强的人其有益菌比例可以达到70%，普通人则是25%，便秘人的是15%，而癌症病人只有10%。