肠道相关淋巴组织占免疫系统的70%，有近一半的免疫细胞附着在肠道，每天，有成千上万的微生物和消化副产物与这套关键防御体系接触，产生人体80%的抗体。所以可以把肠道看做人体最大的免疫器官。良好的菌群比例可以恰当的调动免疫，发挥肠道“海关”功能以及维持体内细胞代谢的秩序。

但有害菌比例增长后，毒素会打开肠粘膜细胞的紧密连接，肠道游离微生物进入人体循环系统，形成一个系统性综合征；身体的炎症反应，也就是免疫系统试图保护身体的反应，可能会锁定在“开启”状态上，开始攻击一切它遇到的物质。

自身免疫具体怎么作用的呢？

当粘膜接触到毒素和食物过敏原时，免疫系统会将其绊住并中和之。正常情形下，这类的工作多由有益菌负责，但当有益菌多被各种原因破坏，粘膜接触到毒素时，身体会以化学分泌物免疫球蛋白IgA(sIgA)将它们标记起来，以吸引巨噬细胞及其它白血球来吞食毒素，一段时间后，免疫反应便会崩溃而耗竭。这可以直接由粪便或唾液检验小肠sIgA数值得知。

代谢及微生物产生的毒素经由肠漏进入血液之后，最后会到达肝脏，而肝脏的工作便是将其毒性解除并排出体外。在正常情形下，肝脏只负责处理每天由细胞及器官活动所产生的代谢性废物。想象一下，如果小肠中的毒素如数由肝脏负责，会增加肝脏多少负担？于是，当肝脏负荷到达顶点时，便无法进一步进行解毒功能，而毒素反而会回到血液循环中。

血液有其复杂的机转，可以维持其化学性衡定，且会将毒性化学物质及物理性碎片尽可能渗透到组织间液。淋巴系统从这里可以收集并中和这些毒素，但无法将它们送到肝脏，因此身体就含有毒性。当微生物生长并繁殖时，便造成慢性淋巴肿胀，特别是儿童。经过一段时间之后，毒素便被送到肌肉及关节附近的末梢结缔组织，造成纤维性肌痛，或者进入细胞内，促成基因变异而导致癌症。

肝脏及淋巴系统当其功能丧失时，亦须依赖免疫系统。最后我们谈到结论：当免疫反应降低时，会有愈来愈多的微生物繁殖(病毒、细菌、真菌)，而形成慢性感染。例如Epstein-Barr 病毒所引起的慢性疲劳征候群，实际上是因逐渐衰弱的免疫系统才导致病毒有机会入侵。

肾上腺似乎是制造免疫物质的最重要器官，而肠漏征候群会逐渐地减低肾上腺功能。在早期和中期，肾上腺功能会提高，可由较多皮质醇的分泌得知，但最后皮质醇数值会下降，也就是说肾上腺功能已衰竭。当这种情况发生时，就会患有终身衰竭性自身免疫疾病的风险。

据统计，1994~2006年，美国儿童中慢性病的发病率上升15%，1997~2011年，儿童食物过敏发生率增长50%，与20世纪50年代的同龄人相比，现在年轻人换乳糜泻的风险更高，全世界儿童中1型糖尿病每10年的增长率为30~40%，且发病年龄也越来越小。这些疾病的基础都被认为是自身免疫问题，而且都与肠漏症有关。

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