并非所有的细菌和病毒都是坏的，“让微生物增生的并非微生物本身，而是微生物存在的环境。“”微生物只在环境允许它们有害时，才变得有害。如果环境不允许微生物肆虐，人们根本不用担心自己暴露在其中。”
——克劳德·伯纳德（Claude Bernard）

希波克拉底认为，人的整体健康仰赖于本质上相互关联的各部分的和谐平衡，部分离开整体无法发挥正常的功能。如今，我们将这种方法称之为“整体”医学，一种治疗整个患者而非孤立症状的哲学。然而，希波克拉底的基本信条，最终被新的理论所取代。

工业化西医学：向细菌开炮

著名的“微生物理论”，认为“得”病是特定病原体进入了身体并开始繁殖，最终得病，这仍是今天很多人的认知。微生物理论与希波克拉底的体液致病学说大为不同，它在1850至1920年间传遍欧洲和北美，并最终成为20世纪及之后的现代医学的黄金标准。

微生物理论流行的主要原因，是因为它有效地打败了体液学说和其他早期致病理论相关的细节复杂性：医生不再考虑让宿主得特定疾病的复杂因素，不管一个人是否有“感染”，你只要处理细菌，就这么简单！

“微生物理论使疾病被简化为微生物和宿主间的相互作用，无需再费神考虑环境、饮食、气候、通风等，这些曾被认为与健康和疾病极为相关的自然因素的影响。在社会、文化和经济环境聚集在大规模生产、消费、标准化和效能时，微生物理论才得以发展。”一篇名为《哈佛大学传染病：疾病和流行病的历史观点》的论文如此解释。

所有疾病的根本病因被简化为致病病原体进入身体，构成了微生物理论的基本信条，推动了最前沿的全新的医学范式。通过症状管理，使用有专利权的基于石油化工的药物，很快成了医疗的标准。

“大型制药公司”，就是我们常说的制药行业，是从微生物理论起家的。同时兴起的还有疫苗接种学，这种理论认为人可以通过疫苗接种的形式，暴露于致病病原体，从而获得对抗疾病的免疫力。这两个概念都是源于微生物理论对抗传染性“病菌”的思想，因此他们专注于用药物和化学注射剂摧毁这些“病菌”。

路易斯·巴斯德（Louis Pasteur，1822-1895），法国化学家、科学家、发明家，一位微生物理论的死硬卫道者，他发展出一种“杀死”食物和饮料的独特工艺，它通过将食物加热到非常高的温度，来杀死任何可能潜伏在其中的活物，包括细菌和酶。巴斯德发现显微镜下的细菌几乎无处不在，而这些细菌可以被高温杀死，这永久改变了人们看待细菌和公众健康的方式。

在19世纪末20世纪初，全社会开始认为微生物、细菌是有害的，尽管使用有益菌发酵和培养食物已经被使用了好几个世纪，却未加考量。

现在我们知道有“好”、“坏”两类微生物存在，这是巴斯德及其追随者们不甚了解的东西。他们只从有害的角度来看待微生物，因此他们花了无数的时间在实验室里研究消灭细菌的方法。巴斯德的出名，巴氏灭菌和疫苗接种学，都仰赖于将细菌视为威胁的世界观，这种世界观至今仍然非常盛行。今天仍有人非常害怕暴露在细菌或病毒的环境下“感染”疾病。但是，这种害怕有道理吗？

事实上并非所有的细菌和病毒都是坏的，与巴斯德同时代的其他一些科学家强烈反对他的疾病理论，相较于细菌导致人类疾病的说法，他们声称是细菌所立足的环境，决定一个人是否得病。

法国教授皮埃尔·雅克·安托万·贝尚（Pierre Jacques Antoine Béchamp），在其担任蒙彼利埃大学医药化学和配药学教授期间，对细菌在发酵过程中是如何工作的有更纯粹的理解。他意识到，让微生物增生的并非微生物本身，而是微生物存在的环境。贝尚还认识到，微生物和细菌必须从某些地方产生，并非如巴斯德错误的以为是自发出现的。贝尚发现微生物是多形态的，会根据所处的环境条件而改变大小和形状，而巴斯德认为微生物始终是一样的。前者关注于环境，后者聚焦微生物。贝尚对微生物的理解，远超前于他所处的时代，最终被认为比巴斯德的理解更为准确。

克劳德·伯纳德（Claude Bernard），公认是实验医学之父，他的一句名言是：“环境至关重要，微生物无关紧要。”伯纳德认识到，微生物只在环境允许它们有害时，才变得有害。他意识到，如果环境不允许微生物肆虐，人们根本不用担心自己暴露在其中。

另一位实验医学之父鲁道夫·斐尔科（Rudolph Virchow），花了多年时间研究新兴的细胞病理学领域。他一开始也带着“微生物是坏的”的思维定势，但斐尔科在他事业的晚期忏悔道：“如果我可以重新活过，我将投身于证明微生物在寻找自然的栖息地——病变组织，而非微生物是病变组织的病因；例如，蚊子生于死水，却不是导致一潭死水的原因。”

斐尔科、伯纳德和贝尚达成的共识是，当微生物遇到合适的有机体，能管控它们的环境或“地势”时，微生物实际上是无危害的。这里我们指的是身体内在的生态环境，不仅仅是免疫系统；维持一个健康的内环境是你的首要任务，增强免疫系统是第二位的。对微生物小题大做成了我们当今社会的现状。

巴斯德的错误假设“微生物导致疾病”，至今仍然是现代医学治疗疾病的样板。从预防和治疗癌症的角度看，如今的患者并未被告知维持一个健康内环境从而发挥最佳免疫功能的重要性。相反，更多的是患者被告知患上癌症是一场赌博，患癌的人别无选择，只能进行强烈的治疗，就如同巴斯德对治微生物那样，试图用有毒物质杀死癌细胞，而非修复被其渗透损坏的内环境。

巴斯德的微生物理论的另一个潜在错误是，它无法区分有害和有益的细菌。迈克尔·拉姆（Michael Lam）博士声称，益生菌对维持“数十亿有益（好）细菌和致病（坏）细菌相互作用的微观平衡”必不可少。贝尚认为，疾病是由身体中好坏细菌失衡导致的；细菌不是疾病的根源，而是疾病发生的迹象。

在大多数情况下，当前的西医仍然执着在对微生物的错误理解上，反对生态内环境是健康的第一要素，从而损害了大众的健康。数百万人根本不必因为错误地针对微生物以及使用化工制造的药物带来的失败治疗，而遭罪受死。